После ухода в отставку Михаил Ятров поступил послушником в Николо-Угрешский монастырь, преподавал в народном училище при монастыре. В апреле 1891 года Михаил принял монашеский постриг c именем Макария. В 1892 года, в день празднования явления иконы Святителя Николая благоверному великому князю Димитрию Донскому, отец Макарий был рукоположен во иеродиакона, а через год принял священнический сан.
Настоятелем Николо-Угрешского монастыря был избран большинством братии в 1905 году. В том же году митрополитом Московским Владимиром (Богоявленским) возведен в сан архимандрита. После революции отец Макарий оставался во главе обители. Находился некоторое время под арестом, неоднократно претерпевал оскорбления и обыски. До самого закрытия обители своим примером стойкости в вере укреплял и поддерживал братию и прихожан монастыря.
Иерей Андрей Колганов, настоятель храма мучениц Татианы и Софии при Детской клинической больнице № 13 имени Н.Ф. Филатова, будучи студентом Николо-Угрешской семинарии, собирал материалы о жизни архимандрита Макария (Ятрова). Ему посчастливилось встретиться и пообщаться с человеком, лично знавшим отца настоятеля: «О последних годах жизни архимандрита Макария поделилась воспоминаниями Зинаида Ивановна Карасева, старейшая жительница города Дзержинского. Она лично видела архимандрита Макария. С 1922 года Зинаида Ивановна восьмилетним ребенком стала ходить на службы в Преображенский собор Угрешской обители. Службу проводил архимандрит Макарий. До 1927 года монахи и настоятель отец Макарий жили в монастыре. Архимандрит - в корпусе, смежном с Успенской церковью. Служил часто и благолепно, читал Евангелие так проникновенно, что все слушающие замирали во время этого чтения. Внешне он производил приятное впечатление — стройный, видный, доброжелательный. Борода с сединой, но не длинная. Волосы короткие, лоб открытый. В соборе он говорил проповеди. Речь отца Макария понятная, спокойная, голос высокий.
После того как старца–архимандрита выселили из монастыря, его принял у себя в доме церковный староста Андрей Андреевич Лобанов. Архимандрит Макарий преставился ко Господу 6 марта 1931 года.
После смерти отца Макария встал вопрос о том, где его похоронить. Монастырь уже был закрыт. На местном кладбище власти запретили хоронить священника, и тогда церковный староста решил похоронить его при церкви Рождества Богородицы в селе Капотня. Хоронили архимандрита Макария тайно. На могиле креста не было, а лишь простой холмик. Зинаида Ивановна неоднократно посещала могилу архимандрита Макария в разное время. Эти посещения бывали каждый раз, когда она с родственниками бывала в храме Рождества Пресвятой Богородицы, даже после закрытия церкви в 1937 году. Следует отметить, что Зинаида Ивановна и в последующие годы часто приходила на могилку отца Макария».
Следуя указаниям Зинаиды Ивановны о месте захоронения, останки отца Макария были обретены и перенесены в Николо–Угрешский монастырь. 23 апреля 2005 года, в Лазареву субботу, состоялось перезахоронение честных останков архимандрита Макария. Он нашел упокоение на бывшем братском кладбище монастыря за алтарем храма преподобного Пимена Угрешского.
P.S. Архимандрит Макарий с 5 по 13 июня 1909 года принимал участие в I Всероссийском съезде монашествующих, который проходил в Троице – Сергиевой лавре. На съезде обсуждались меры, необходимые для улучшения духовной жизни в монастырях. Фотография участников этого съезда сохранила для потомков внешний облик архимандрита Макария. Другие его прижизненные изображения пока неизвестны.
