Родившийся в 1846 году в многодетной семье московского священника, настоятеля знаменитой церкви Симеона Столпника, будущий отец Алексий с ранних лет связал жизнь с церковным служением. В 1867 году святителем Филаретом (Дроздовым), митрополитом Московским и Коломенским, он был рукоположен в диаконский сан и служил в этом чине 28 лет, пока не стал священником.
Будущий старец рано овдовел, а когда его сын вырос, принял монашеский постриг в честь святителя Алексия, митрополита Московского. Среди духовных чад старца было немало известных людей, в том числе Великая Княгиня Елисавета Феодоровна, у него духовно окормлялись игумения Фамарь (Марджанова), а также некоторые члены известного религиозно-философского кружка Михаила Новоселова.
В 1917 году старец Алексий сыграл особую роль в ходе Всероссийского Поместного Собора: именно он вытянул жребий при избрании Патриарха, которым стал святитель Тихон (Беллавин).
В 1919 году отец Алексий принял постриг в великую схиму, в 1923-м, когда Зосимова пустынь была окончательно закрыта большевиками, переехал в Сергиев (нынешний Сергиев Посад), где жил до самой кончины, последовавшей в 1928 году, у своей духовной дочери Веры Верховцевой. Здесь, невзирая на опасность, батюшку посещали его многочисленные духовные чада, в том числе в архиерейском сане.
В народной памяти осталось свидетельство молитвенной связи старца Алексия с преподобным Сергием Радонежским. «В начале войны, - вспоминал Сергей Фудель, - немцы были недалеко от Загорска (так при советской власти назывался Сергиев Посад). После ночной смены на заводе одна жительница этого города шла домой. Это был как раз день преподобного Сергия. Солнце только поднималось, освещая траву, цветы. Но ни цветы, ни солнце не замечались от великого страха перед приближением фронта: в доме у этой женщины были маленькие дети. И вот встречает ее незнакомая женщина, они идут вместе, и незнакомая ей говорит: «Ничего не бойтесь. Мы под защитой преподобного. Он сказал, что «град его будет во веки цел». А чтобы вам это было понятно, я расскажу. В 20-х годах здесь жил Зосимовский старец отец Алексий. Здесь он и умер в конце 20-х годов. Когда начали открывать мощи, старец очень страдал об этом и много молился, недоумевая - почему Господь попускает такому делу? Однажды вечером, когда он стал на молитву, рядом с ним встал преподобный и сказал: «Молись три дня и постись, и после этого я покажу тебе то, что нужно». В следующие два дня, когда отец Алексий вставал на молитву, снова вставал с ним рядом преподобный Сергий. Отец Алексий в эти дни питался просфорой. На третий день преподобный сказал: «Когда подвергаются такому испытанию живые люди, то необходимо, чтобы этому подвергались и останки людей умерших. Я сам отдал тело свое, дабы град мой во веки был цел». И тогда, - добавила рассказчица, - думали, что это о сыпном тифе, который в те годы свирепствовал, а вот теперь поняли, о чем он говорил».