Служил настоятелем храма при Экспедиции заготовления государственных бумаг. Двадцать шесть лет являлся председателем «Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви», успешно противодействуя антицерковным течениям.
В 1893 году Философ был избран гласным Санкт-Петербургской городской Думы от духовенства, нес свои полномочия до 1917 года. Принимал участие в устройстве в городе ночлежных домов, сиротских приютов, богаделен, его стараниями в Санкт-Петербурге и окрестностях было возведено двенадцать храмов, самый большой из них — храм Воскресения Христова у Варшавского вокзала. Многодетная семья Орнатский (десять детей) жила очень скромно. Все множество общественных званий и должностей отца Философа не приносили средств к существованию. Чтобы прокормить семью, батюшка давал частные уроки.
Отец Философ был одним из ближайших сподвижников священномученика митрополита Петроградского и Гдовского Вениамина (Казанского). Узы духовной дружбы связывали его и со Святейшим Патриархом Тихоном. Почти двадцать лет отец Философ являлся духовным сыном святого праведного Иоанна Кронштадтского. Святой пастырь доверил отцу Философу быть посредником в его переписка со святителем Феофаном Вышенским.
В 1913 году батюшка был назначен на должность настоятеля Казанского кафедрального собора в Санкт-Петербурге. Во время 1-й Мировой войны отец Философ отдал свою квартиру под лазарет для раненых воинов. Вся его большая семья переехала в небольшое казенное помещение. Неоднократно батюшка выезжал районы боевых действий, сопровождая транспорты с необходимыми воинам вещами и продуктами, стремясь всеми силами вдохновить и поддержать защитников Отечества. Его сын Николай (родился в 1886 году) — военный врач, находился в составе 9-й Русской Армии; сын, Борис (родился в 1887 году), штабс-капитан 23-й артиллерийской бригады, закончивший Константиновское артиллерийское училище, геройски сражался на Австро-Венгерском фронте.
На его глазах во время революции был расстрелян муж сестры его жены, священномученик протоиерей Петр Скипетров. На его отпевании отец Философ произнес проповедь, бесстрашно обличив большевиков. Неоднократно выступал он перед паствой с призывами к объединению русичей вокруг храмов для защиты святынь своей земли. В январе 1918 года батюшка организовал защиту святынь Александро-Невской Лавры, устроив к ней крестные ходы со всех храмов столицы.
9 августа 1918 года его вместе с двумя старшими сыновьями, Николаем и Борисом, арестовали. Во время ареста он был совершенно невозмутим и спокоен. Прихожане собрались в многотысячную толпу и шли по Невскому проспекту на Гороховую в ЧК, требуя освободить своего пастыря. Делегацию верующих чекисты приняли, коварно обещая выполнить их требования. Но в ту же ночь (предположительно на 20 июля 1918 года) батюшку перевезли в тюрьму города Кронштадт. Предположительно около 30 октября 1918 года вместе с сыновьями и другими тридцатью заключенными офицерами отца Философа повезли на расстрел. По дороге батюшка читал вслух отходную над приговоренными. Место казни находилось, по одним предположениям в Кронштадте, по другим — неподалеку от Финского залива между Лигово и Ораниенбаумом. Тела расстрелянных, по-видимому, были сброшены в залив.
В августе 2000 года пресвитер Философ Орнатский с сыновьями Николаем и Борисом причислены к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских.
