В 1833 году, став игуменом, был направлен в Троице-Сергиеву пустынь под Санкт-Петербургом, для восстановления пришедшего в запустение монастыря. В октябре 1857 года был поставлен во епископа Кавказского и Черноморского. Хотя своей епархией он управлял только четыре года, ему удалось многое сделать для развития церковной жизни в этом регионе. Снова серьезно заболев, он был направлен в 1861 году на покой в Костромскую епархию в Николо-Бабайский монастырь. Там он занялся писательской деятельностью.
Почил святитель Игнатий 13 мая (30 апреля по старому стилю) 1867 года, в воскресный день, в праздник Жен Мироносиц. Святой оставил нам удивительное собрание письменных размышлений, являющихся результатом живого опыта. Им написаны «Приношение современному монашеству», «Отечник» и много других полезных для дела духовного совершенствования трудов. Богословское наследие святителя Игнатия было принято читателями с большой любовью и благодарностью.
Епископ Игнатий был канонизован Поместным Собором Русской Православной Церкви в 1988 году. Его святые мощи покоятся в Свято-Введенском Толгском монастыре Ярославской епархии.
