Все годы пастырского служения владыки, его отличало неослабеваемое горение духа: процветала его трудами миссионерская деятельность, устраивались религиозные чтения и вне богослужебные беседы, программу для которых составлял сам же епископ и он же руководил ими. Владыка часто объезжал приходы епархии и служил с таким благоговением, трепетом и молитвенным настроем, что люди действительно забывали — на Небе они или на земле, многие плакали от умиления и духовной радости. Во время политических беспорядков 1905 года владыка успешно вразумлял одурманенных бунтовщиков своими проповедями.
С большой любовью и уважением относился к епископу Гермогену святой праведный Иоанн Кронштадтский, говоря, что за судьбу Православия он спокоен и может умереть, зная, что епископы Гермоген и Серафим (Чичагов) продолжат его дело. Предрекая мученическую кончину святителя, батюшка писал ему в 1906 году: «Вы в подвиге, Господь отверзает Небо, как архидиакону Стефану, и благословляет Вас».
Резкое расхождение во мнении с обер-прокурором Священного Синода Владимиром Саблером, стало причиной не только увольнения владыки от присутствия в Святейшем Синоде, но и ссылки в Жировицкую обитель, а затем в 1915 году в Николо-Угрешский монастырь.
После Февральского переворота 1917 года он был назначен на кафедру в Тобольск. Находясь на Тобольской кафедре во время пребывания там в заточении царственных мучеников, по его благословенно в утешение им была принесена Абалацкая икона Божией Матери.
25 декабря 1917 года в Покровском храме города Тобольска, в присутствии царской семьи диакон Евдокимов провозгласил им многолетие — как и положено по богослужебному Уставу. Вслед за этим последовал арест настоятеля и диакона. На запрос об этом происшествии из местного органа большевицкой власти Владыка Гермоген ответил письменно, отказавшись от какого бы то ни было личного общения: «Россия юридически не есть республика, никто ее таковой не объявлял и объявить не правомочен, кроме предполагаемого Учредительного Собрания. Во-вторых, по данным Священного Писания, государственного права, церковных канонов, а также по данным истории, находящиеся вне управления своей страной бывшие короли, цари и императоры, не лишаются своего сана как такового и соответствующих им титулов, а потому в действиях причта Покровского храма ничего предосудительного не усмотрел и не вижу».
На Литургии владыка всегда вынимал частички за царскую семью, свято храня любовь к ней. Есть сведения, что во время пребывания государя в тобольской ссылке владыка испросил у него прощения за то, что поверил наговорам на Григория Распутина, и государь со смиренным сердцем простил его.
В январе 1918 года, после принятия большевиками декрета об отделении Церкви от государства, ставившего верующих в действительности вне закона, архипастырь обратился к народу с воззванием, которое заканчивалось словами: «Станьте на защиту своей веры и с твердым упованием скажите: «Да воскреснет Бог и расточатся врази Его»».
Власти усиленно готовились к аресту непреклонного епископа, и 15 апреля 1918 года во время крестного хода, назначенного на Вербное воскресенье, владыка был взят под стажу и заключен в Екатеринбургскую тюрьму. Продержав владыку несколько месяцев в заточении, областной совнарком потребовал выкуп — сначала в сто тысяч рублей, но, убедившись, что такой суммы ему не собрать, уменьшили ее до десяти тысяч рублей. Когда деньги, пожертвованные местным коммерсантом, были принесены духовенством, власти дали расписку в получении требуемой суммы, но вместо освобождения епископа арестовали и троих членов делегации: протоиерея Ефрема Долганова, иерея Михаила Макарова и Константина Минятова, о дальнейшей участи которых ничего более не известно. Видимо, их мученическая кончина предварила кончину владыки.
Вскоре святитель был перевезен в Тюмень и доставлен на пароходе к селу Покровское. Все узники, за исключением епископа и священника церкви Каменского завода, благочинного второго округа Камышевского уезда Екатеринбургской губернии, иерея Петра Карелина, были расстреляны. Владыка и отец Петр были заключены в грязном трюме. Пароход направился к Тобольску. Вечером, 15 июня, когда священномучеников переводили с одного корабля на другой, владыка, подходя к трапу, тихо сказал лоцману: «Передайте, раб крещеный, всему великому миру, чтоб обо мне помолились Богу».
Около полуночи с 15 на 16 июня большевики сначала вывели на палубу парохода «Ока» иерея Петра Карелина, привязали к нему два больших гранитных камня и сбросили в воды реки Туры. Та же участь постигла и владыку. Честные останки святителя были вынесены на берег 3 июля и обнаружены крестьянами села Усольского. На следующий день они были похоронены крестьянином Алексеем Егоровичем Маряновым на месте обретения. В могилу был положен и камень.
Вскоре город был освобожден войсками Сибирского правительства и останки святителя были извлечены, облачены в архиерейские одежды, и торжественно погребены в склепе, устроенном в Иоанно-Златоустовском приделе на месте первой могилы святого Иоанна, митрополита Тобольского.
Священномученики Гермоген, Ефрем, Петр, Михаил и мученик Константин причислены к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.
По материалам книги игумена Дамаскина «Мученики, исповедники и подвижники благочестия Русской Православной Церкви XX столетия».
