Один из храмов обители посвящен святым всехвальным первоверховным апостолам Петру и Павлу. Церковь была построена в 1859-1860 годах благотворителем обители Петром Ивановичем Куманиным. 31 октября 2009 года исполнилось 150 лет со дня основания этого храма. Первое освящение скитской Петропавловской церкви совершил Святитель Филарет, митрополит Московский. Освящением храма было окончательно утверждено в Угрешском монастыре особое общежитие - скит. В скиту пребывала монастырская братия, ревновавшая о больших духовных подвигах. Здесь был принят свой, более строгий, устав. В скиту любил останавливаться игумен Иларий (в схиме Илия), настоятель Угреши в 1834-1852.С 1871 года здесь пребывал на покое и другой подвижник благочестия игумен Антоний (Бочков), бывший настоятель Богословского Череменецкого монастыря. Некоторое время проживал в Угрешском скиту ради духовной пользы Константин Николаевич Леонтьев (в монашестве Климент), религиозный мыслитель, дипломат, публицист и литературный критик второй половины XIX века.

В 1918 году монастырь был закрыт и преобразован в трудовую общину. В 1924 году здесь был организован Красный детский городок. Из всех монастырских церквей только скитский Петропавловский храм был действующим. Он стал приходской церковью, которую отделили от бывшей монастырской территории. В ограде сделали существующий и поныне отдельный вход для богомольцев. В 1928 году закрыли и Петропавловский храм. В 90-х годах ХХ века трудами наместника обители архимандрита Вениамина храм был восстановлен и приготовлен к освящению. 23 июня 1995 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил великое освящение церкви во имя первоверховных апостолов Петра и Павла.

Храм вернулся к жизни. Теперь, как и прежде, в церкви Петра и Павла царит дух молитвы, благочестия и подвига во имя Христа, дух христианской надежды и любви. Кто хоть раз побывал здесь, навсегда запомнит тихую радость, мир и покой, обретенные в этом удивительном храме. Традиционно в день апостолов Петра и Павла в храме совершается Божественная литургия и водосвятный молебен. Каждую пятницу в 17 часов в этом храме монастырское духовенство служит молебен с акафистом перед иконой Божией Матери "Неупиваемая чаша" для страждущих недугом наркомании и пьянства.