К моменту прославления Саровского Старца, которое совершилось летом 1903 года, его почитание уже было широко распространено по всей России. Из уст в уста передавались рассказы о чудотворной помощи святого, в народе «ходили» воспоминания людей, встречавшихся с батюшкой Серафимом. Известно было предсказание преподобного о том, что его мощи будут найдены, а затем в годину гонений за христианскую веру снова будут утрачены, что впоследствии в точности и исполнилось.
Вскоре после октябрьского переворота начались полномасштабные гонения на Православную Церковь, ее священнослужителей. Кощунственному поруганию подверглись и мощи святых. Вскрывались раки, составлялись протоколы об их освидетельствовании, а затем святые мощи увозились в неизвестном направлении.
Так случилось и с мощами преподобного Серафима, канувшими в неизвестность. Документально подтвержденными были только два факта: 17 декабря 1920 года мощи, хранившиеся в Дивеевском монастыре под Арзамасом, были вскрыты, а 16 августа 1921 года закрыты и увезены. Известно, что в конце 1920-х годов мощи преподобного Серафима выставлялись для обозрения в московском Страстном монастыре, где в то время был организован антирелигиозный музей. Скорее всего, мощи находились там до 1934 года, когда монастырь был взорван.
Изменившиеся в 90-х годах прошлого столетия отношения Церкви и государства сделали возможным возвращение православных святынь верующим. Первая святыня, которая была возвращена, - мощи святого благоверного князя Александра Невского, находившиеся в Музее истории религии и атеизма. «Вскоре, - вспоминал Патриарх Алексий II, - были переданы Церкви и мощи преподобных Зосимы, Савватия и Германа Соловецких. Считалось, что никаких других мощей в музее нет, но в связи с намеченным переездом из Казанского собора сотрудники музея заново проверяли запасники и в помещении, где хранились гобелены, обнаружили зашитые в рогожу мощи. Когда их вскрыли, то на перчаточке прочитали надпись: «Преподобный отче Серафиме, моли Бога о нас!». Чьи это мощи? Кроме надписи на перчатке, никакой другой информации не было: ни номера, ни описания».
После сопоставления двух актов - о канонизации в 1903 году и о вскрытии в 1920 году - появилась уверенность, что это действительно мощи преподобного Серафима. Обретенная святыня была перенесена в Москву и установлена в Богоявленском кафедральном соборе для поклонения. Возвращение батюшки Серафима несколько месяцев спустя в основанную им Дивеевскую обитель стало торжеством всероссийского значения. Мощи перевозили в микроавтобусе, за которым неотступно следовал автомобиль Патриарха. «Крестный ход на колесах» останавливался в городах и монастырях по пути следования, совершались бесчисленные акафисты святому Старцу.
1 августа 1991 года, в день памяти преподобного Серафима Саровского, мощи были возвращены в Дивеевский монастырь.