С 1892 по 1912 годы он являлся настоятелем храма при Экспедиции заготовления государственных бумаг. Двадцать шесть лет он оставался председателем «Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви», успешно противодействуя антицерковным течениям. В 1893 году Философ был избран гласным Санкт-Петербургской городской Думы от духовенства и нес свои полномочия до 1917 года. Принимал участие в устройстве ночлежных домов, сиротских приютов, богаделен, его стараниями в Санкт-Петербурге и окрестностях было возведено 12 храмов, самый большой из них — храм Воскресения Христова у Варшавского вокзала. Кроме того, можно назвать церкви Петра и Павла в Лесном, преподобного Сергия Радонежского на Новосивковской улице, преподобного Серафима Саровского за Нарвской заставой, Предтеченский храм на Выборжской стороне, Герасимовскую церковь, Исидоро-Юрьевский храм.
Сам батюшка, имея большую семью (у него было десять детей), жил очень скромно. Все множество общественных званий и должностей, которые он нес во славу Божию, средств к существованию не приносили. Через его руки, как председателя комитетов по строительству храмов, проходили огромные суммы денег, а он давал частные уроки, чтобы прокормить семью.
Известен был батюшка и как редактор и цензор таких столичных духовных журналов как «Санкт-Петербургский Духовный Вестник» (издавался с 1894 года), «Отдых христианина» (с 1901 года), «Православно-Русское слово» (с 1902 года). Отец Философ был одним из ближайших сподвижников священномученика митрополита Петроградского и Гдовского Вениамина (Казанского) которого, в бытность того студентом духовной академии, батюшка активно привлекал к проповеднической деятельности в рабочей среде Санкт-Петербурга. Узы духовной дружбы связывали его и со Святейшим Патриархом Тихоном.
Почти двадцать лет отец Философ являлся духовным сыном святого праведного Иоанна Кронштадтского, который часто бывал у него дома и благословлял все его начинания во благо Церкви. Святой пастырь доверил отцу Философу быть посредником в своей переписке со святителем Феофаном, Вышенским затворником. В 1913 году батюшка был назначен на должность настоятеля Казанского кафедрального собора в Санкт-Петербурге. Во время 1-й Мировой войны отец Философ отдал свою квартиру под лазарет для раненых воинов, а сам с семьей переехал в небольшое казенное помещение. Неоднократно и сам он выезжал в районы боевых действий, сопровождая транспорты с необходимыми воинам вещами и продуктами, стремясь всеми силами вдохновить и поддержать защитников Отечества.
Его сын Николай (родился в 1886 году) — военный врач, находился в составе 9-й Русской Армии. Второй сын, Борис (родился в 1887 году), штабс-капитан 23-й артиллерийской бригады, закончивший Константиновское артиллерийское училище, геройски сражался на Австро-Венгерском фронте. Проповеднический дар батюшки привлекал искавших живого слова, он не раз призывал свою паству не принимать разлагающих идей большевизма, понимая, что православие является основой русской родной жизни. Батюшка призывал интеллигенцию знать это: «Нашей интеллигенции надо стать русскою», — не уставал повторять он.
На его глазах во время революции был расстрелян муж сестры его жены, священномученик протоиерей Петр Скипетров (память 20 января). Батюшка при его отпевании произнес проповедь, бесстрашно обличив большевиков. Неоднократно выступал он перед паствой с призывами к объединению русичей вокруг храмов для защиты святынь своей земли. В январе 1918 года, когда в Лавре был убит отец Петр Скипетров, батюшка организовал защиту святынь Александро-Невской Лавры, устроив к ней крестные ходы со всех храмов столицы.
9 августа 1918 года его вместе с двумя старшими сыновьями, Николаем и Борисом, арестовали. Во время ареста он был совершенно невозмутим и спокоен. Прихожане собрались в многотысячную толпу и шли по Невскому проспекту на Гороховую в ЧК, требуя освобождения своего пастыря. Делегацию верующих чекисты приняли, коварно обещая выполнить их требования. Но в ту же ночь (предположительно на 20 июля 1918 года) батюшку перевезли в тюрьму города Кронштадта. Предположительно около 30 октября 1918 года вместе с сыновьями и другими 30 заключенными офицерами отца Философа повезли на расстрел. По дороге батюшка читал вслух отходную над приговоренными. Место казни находилось, по одним предположениям в Кронштадте, по другим — неподалеку от Финского залива между Лигово и Ораниенбаумом. Тела расстрелянных, по-видимому, были сброшены в залив.
Протоиерей Философ Орнатский причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года.
