Подвижник, попечительный архипастырь Серафим был любим народом: к примеру, на Пасху 1922 года протест населения даже вынудил Дмитровский исполком отпустить владыку, которого задержали перед праздником. Но позже владыка Серафим был вызван в Москву, арестован и сослан на 2 года в Зырянский край. В 1926-1927 годах до закрытия обители служил в Дивеево. ОГПУ предлагало архипастырю сотрудничество, и, чтобы его избежать, священномученик уволился за штат и жил во Владимирской области. В 1932 году был вновь арестован и выслан в Казахстан, затем в Омскую область, в Ишим.

Расстрелян по приговору тройки НКВД 26 августа 1937 ровно через 28 лет после совершения его монашеского пострига.

Письмо из Бутырской тюрьмы:

 «Мир вам и радость от Источника радости Христа Господа, все дорогие, родные дети мои, непрестанно в темничной молитве моей поминаемые: благослови вас Господь, слава Богу за все — и за тюрьму, слава Ему, что не обошел Он меня своею милостию… Благодарю вас всех за вашу любовь ко мне. Милость Божия и Покров Царицы Небесной да будет над всеми вами. Ваш богомолец Е. Серафим.

Кто со слезами свой хлеб не едал,
Кто никогда от пелен до могилы
Ночью на ложе своем не рыдал,
Тот вас не знает, небесные силы.

Это поют у нас».

 Анастасия Верина