В 60-е годы, запомнившиеся как время хрущевских гонений, он был избран на епископское служение. С этого момента деятельность Святейшего Патриарха Алексия II на благо Церкви развивалась и укреплялась. Еще в бытность управляющим Таллиннской епархией он спас от закрытия Пюхтицкий женский монастырь и многочисленные приходские храмы. Владыка становится ближайшим сподвижником Патриарха Алексия I (Симанского); по собственному признанию владыки, общение с этим иерархом Русской Церкви оставило в его душе глубокий след. После смерти Патриарха Алексия I одним из кандидатов, о котором часто говорили, был митрополит Таллиннский Алексий. На Поместном соборе 1971 года новым Патриархом был избран митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен (Извеков), человек достойный, большой аскет. Его правление пришлось на время, когда внешний почет патриаршего достоинства сочетался с жесткой ограниченностью действий, регламентируемых советским государством.
Со смертью Патриарха Пимена в 1990 году в истории России и Православной Церкви открылась новая страница. В условиях изменяющейся государственности Патриарх Алексий II сумел найти нужную позицию в общении со светской властью, при которой Церковь смогла почувствовать себя свободно. Он развил внутренние церковные структуры, увеличил число действующих храмов и обителей. Открылись духовные учебные заведения, получили свое развитие синодальные отделы. Церковь при Святейшем Патриархе Алексии II стала Церковью возрождающейся, она ожила, укрепилась и возросла.
В 1990 году состоялось избрание Патриарха, а спустя 15 лет Русская Православная Церковь уже насчитывала 132 епархии. Ими управляли 132 епархиальных и 32 викарных архиерея. Была возрождена монашеская жизнь в 688 монастырях. В России открылись 207 мужских и 226 женских обителей. В Украине действовали 85 мужских и 50 женских монастырей. В других государствах — два мужских и три женских монастыря. В патриаршем ведении находятся 25 ставропигиальных монастырей. Среди них четыре мужских и четыре женских в Москве.
В Москве было отреставрировано и построено 724 храма и часовни. В их число входят семь кремлевских храмов, два кафедральных собора, пять храмов при синодальных учреждениях, 296 приходских храмов, 117 патриарших подворий, 64 монастырских подворья, 69 монастырских храмов, семь крестильных храмов, 69 часовен. Завершалось строительство 88 храмов и часовен. Богослужения совершались в 585 храмах и часовнях. Свидетельством чуда Божия стал и Храм Христа Спасителя, выстроенный заново за три года и вознесший свои купола в самом центре Москвы.
Первый Священноархимандрит Угрешской обители
Для Угрешской обители имя Патриарха Московского и всея Руси Алексия II связано с поворотным моментом в ее жизни. Возвращенный в 90-м году в лоно Матери Церкви монастырь представлял собой печальное зрелище. Тогда, в начале 90-х годов, только-только избранный Патриарх приехал на Угрешу, и одним из первых деяний Его Святейшества стало решение о принятии Николо-Угрешского монастыря в ведомство Московской патриархии и дарование ему статуса ставропигиального. С этого момента Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II становится священноархимандритом Угрешской обители.
С того момента монастырь буквально ожил, перешел от небытия разрухи к первым робким шагам монашеской жизни. Постепенно внешний вид обители преображался, все более возвращаясь к дореволюционному образцу, приходили люди, взыскующие иноческой жизни.
Приняв на свое попечение разрушенную обитель в 90-м году, уже в мае 1991 года Святейший Отец совершает освящение храма Успения Пресвятой Богородицы. Каждое первосвятительское посещение обители, а бывал Патриарх на Угреше несколько десятков раз, было связано со значимыми событиями в жизни возрождающегося монастыря.
Первосвятительское участие в жизни Угрешской обители было постоянным. Патриарх Алексий II был в курсе всех дел, происходивших в монастыре, давал советы в решении тех или иных вопросов, касающихся его восстановления, не оставлял без попечения и братию. Все первые насельники монастыря восприяли благодатное рукоположение в диаконский или священнический саны от рук Святейшего Патриарха. Уже потом, в середине 90-х годов, когда число хиротоний увеличилось, Патриарх оставил за собой право только епископских хиротоний, диаконские же и иерейские стали совершать викарии Святейшего. В 2003 году Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил возведение в сан епископа первого наместника Николо-Угрешского монастыря владыки Вениамина (ныне митрополита Оренбургского и Саракташского).
Имя Святейшего Патриарха Алексия II навсегда запомнится в связи с подписанием акта о каноническом общении Русской Православной Церкви и Русской Православной Церкви за рубежом. Начало 2008 года принесло скорбную весть о кончине митрополита Лавра, возглавлявшего зарубежную ветвь РПЦ. Но никто не мог и предположить, что в конце того же 2008 года преставится и Святейший Патриарх Алексий II.
Похоронен пятнадцатый Патриарх всея Руси в Богоявленском кафедральном соборе, к которому Святейший Алексий II испытывал особенно теплое отношение. Здесь совершилась его интронизация, под его началом проводились многие торжественные службы. В том числе и в памятные для самого Патриарха дни.
