Вскоре он становится настоятелем-строителем Пелыпемского Лопотова монастыря. Будучи назначен игуменом Николо-Угрешского монастыря, без вступления в должность он был вызван в Санкт-Петербург, где ему поручили стать архимандритом Троице-Сергиевой пустыни под Петербургом.
Святитель Игнатий хотя и не успел возглавить Николо-Угрешскую обитель, но сыграл важнейшую роль в ее скором возрождении и расцвете. Он направил в Николо-Угрешский монастырь будущего архимандрита обители Пимена (Мясникова), на которого в молодости оказал значительное влияние в выборе жизненного пути и с которым его впоследствии связывали узы духовной дружбы.
В 1857 году Игнатия рукоположили во епископа Кавказского и Черноморского. В 1861 году по причине крайне расстроенного здоровья он ушел на покой и поселился в Николо-Бабаевском монастыре Костромской епархии, где и провел свои последние годы жизни.
Святитель духовно окормлял свою многочисленную паству, содействовал нравственному совершенству людей, искавших Бога, раскрывал красоту и величие Православия. Особый дар смотреть на все духовно, глубокая проницательность, постоянное самонаблюдение сделали его весьма искусным в лечении духовных и душевных недугов.
Святитель Игнатий почитается в Соборе Угрешских святых. В обители хранится ковчег с частицей его мощей.
