Обучался в Тобольском духовном училище и семинарии. Как один из лучших по успехам, мог идти в академию, но отказался. Его влекла миссионерская деятельность. Вступив в состав Алтайской миссии, святитель Макарий весь отдался делу. Впоследствии стал ее начальником, хиротонисан во епископа Бийского, затем определен епископом Томским и Семипалатинским. С 1912 по 1917 год - митрополит Московский и Коломенский, священноархимандрит Свято-Троицкой Сергиевой лавры и член Синода.

20 марта 1917 года Синод отстранил преосвященного Макария от дел и последующие восемь лет он прожил в Николо-Угрешском монастыре. В 1920 году владыку постигла болезнь, из-за которой он оставался частично парализован до конца жизни. В августе того же года по предложению Святейшего Патриарха Тихона святителю Макарию пожизненно был присвоен титул митрополита Алтайского.

Находясь на Угреше, он был лишен возможности благовествовать Христово учение. Некоторое время у Владыки Макария было желание покинуть обитель. Но однажды во сне его мать явилась к нему в дом, осмотрела все вокруг, накинула крючки на все двери. Из этого виде­ния он заключил, что ему должно остаться.

По праздничным и воскресным дням Владыка служил в Петропавловском храме монастыря, произносил проповеди, общался со своими духовными чадами. Он пользовался любой возможностью учить и наставлять детей, которые жили не только вблизи монастыря, но и в местной колонии,  и которые очень любили посещать старца. Все оставшиеся в обители иноки относились к нему с большой любовью.

В феврале 1926 года митрополит Алтайский Макарий заболел воспалением легких. Вскоре, 1 марта, на 91-м году жизни, владыка отошел ко Господу. Святитель был похоронен около алтаря церкви села Котельники близ Люберец, где он жил с 1925 года после закрытия Николо-Угрешского монастыря.

В 1957 году Святейшим Патриархом Алексием II была учреждена комиссия, которая вскрыла могилу владыки. Гроб почти весь разрушился, а тело и облачения оказались нетленными. Тело митрополита Макария было перенесено в Троице-Сергиеву лавру и погребено в нижней части Успенского собора.

В лике святых прославлен в юбилейном 2000-ом году от Рождества Христова, с 2012 года почитается в соборе Угрешских святых. 31 августа 2016 года мощи прославленного миссионера по благословению Святейшего Патриарха Кирилла вернулись на Алтай.

По окончании литургии игумен Анастасий от лица прихожан храма поздравил иеродиакона Макария с днем тезоименитства.