5 августа 2001 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и министр юстиции России Юрий Чайка заложили памятную капсулу в фундамент будущего храма. Основные заботы по его устроению взяло на себя Главное управление исполнения наказаний Министерства юстиции (ныне это Федеральная служба исполнения наказаний РФ). Год спустя, 22 сентября 2002 года, в день попразднства Рождества Пресвятой Богородицы, Патриарх Алексий II освятил возведенный храм. Внутри были установлены мраморные доски с именами погибших при исполнении служебного долга. Среди них имена 29 сотрудников уголовно–исполнительной системы, которые погибли при проведении контртеррористических мероприятий по обеспечению правопорядка и общественной безопасности на территории Северо–Кавказского региона.
В день 15-летия храма в честь преподобного Пимена Угрешского за богослужением молились руководители и бойцы спецназа Москвы и Московской области, сотрудники службы конвоирования и охраны, а также те, кто в историческом 2002 году присутствовал на его освящении. Владимир Увенальевич Ялунин, тогда начальник Главного управления исполнения наказаний Министерства юстиции РФ, поделился воспоминаниями и о том знаменательном дне, и о событиях, которые ему предшествовали: «В то время, когда родилась идея строительства храма в память о погибших сотрудниках, в ГУИНе было почти 427 тысяч личного состава и 67 тысяч вольнонаемного. На тот момент у нас сложились теплые отношения с архимандритом Вениамином, и в одной из бесед он предложил построить напротив главного монастырского собора – Спасо-Преображенского (где тогда шли активные восстановительные работы) – храм, в котором были бы записаны фамилии тех, кто отдал жизнь при исполнении служебных обязанностей. В мае 2000 года мы были приглашены на первую Литургию в Спасо-Преображенском соборе, которую возглавил Патриарх Алексий II. По окончании богослужения довелось потрапезничать со Святейшим. Когда мне было предоставлено слово, я обратился с просьбой благословить на строительство «нашего» храма на месте, где был похоронен архимандрит Пимен, заверив Патриарха, что все наши сотрудники с готовностью примут участие в этом благом деле. Святейший Отец улыбнулся, посмотрел на окружавших его архиереев и, обращаясь к ним, сказал: «Они же всем миром берутся». И дал свое патриаршее благословение.
Действительно, строительство храма в честь преподобного Пимена шло всем миром: за небольшой срок сотрудниками органов уголовно-исполнительной системы были пожертвованы немалые средства, что позволило возвести храм в кратчайший срок. Чуть более года спустя после закладки памятной капсулы Пименовский храм был освящен.
22 сентября 2002 года на освящение пригласили матерей и близких родственников сотрудников, чьи имена были выгравированы на мемориальных досках. Это были люди различных вероисповеданий, которые приехали помолиться о своих родных. Мне запомнились слова Патриарха, который сказал, что именно этим и надо заниматься – объединять людей под знаменем Христовой веры.
Я благодарен нынешнему наместнику Николо-Угрешского монастыря игумену Варфоломею, ректору духовной семинарии игумену Иоанну, что они помнят эту дату, что под сводами храма в честь преподобного Пимена Угрешского постоянно звучит молитва. Сегодня, глядя на памятные доски с именами наших погибших товарищей, я думаю, сердца всех присутствующих на службе мужчин, не единожды близко видавших смерть, наполнило особое чувство – трогательной признательности за память, которую хранят здесь, в монастыре. Когда человек идет на задание, связанное с риском для жизни, очень важно, чтобы он был внутренне уверен, что его не бросят, что семье будет оказана поддержка, что его будут помнить. Многих сотрудников, чьи имена 15 лет назад появились на мраморных досках, лично знал, а являясь руководителем Главного управления исполнения наказаний, по долгу службы я разговаривал с матерями всех погибших. Должен сказать, каждый разговор с матерью о ее погибшем сыне оставлял на сердце рубец. Поэтому я еще раз хочу поблагодарить отца Варфоломея за возможность вновь побывать здесь и вспомнить, какое важное событие для всех нас произошло 15 лет назад».