31 марта 1990 года состоялась I сессия Совета народных депутатов города Дзержинского. Среди прочих вопросов, рассматриваемых народными избранниками, было принято решение об ускорении реконструкции Николо–Угрешского монастыря, подтвержденное на II сессии городского Совета 10 мая того же года. Решение о передаче монастыря Патриархии было беспрецедентным.

В это же время создается инициативная группа верующих жителей города, которые стали ратовать за то, чтобы в реконструируемом монастыре были возрождены и богослужения. Инициативную группу верующих возглавила Таисия Даниловна Сычева (†1999). Ее ближайшей помощницей стала Анна Мироновна Курских. Были собраны несколько сот подписей под обращением к властям об открытии прихода на территории разрушенной обители.

В Новодевичьем монастыре, в резиденции Управляющего Московской епархией, летом 1990 года обсуждался вопрос о передаче комплекса бывшего Николо–Угрешского монастыря Русской Православной Церкви. На встрече присутствовали заместитель председателя Дзержинского городского Совета народных депутатов Тамара Яковлевна Карпухина и председатель комиссии по культуре при горсовете Виктор Владимирович Кротков. По воспоминаниям Кроткова, который несколько раз встречался с митрополитом Ювеналием, владыка был несколько удивлен, приятно удивлен тем, что не Церковь просит у властей, а власти сами ей предлагают.

В результате, 24 октября 1990 года состоялось первое посещение Николо–Угрешского монастыря Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. В здании городского Совета был подписан протокол о намерениях, согласно которому Дзержинский горсовет и Русская Православная Церковь договорились о сотрудничестве в деле восстановления монастыря. Церковь заявила о своем согласии в кратчайшие сроки возобновить церковную жизнь на территории монастыря. Со стороны горсовета протокол подписали: председатель Совета В.И. Доркин, его заместитель Т.Я. Карпухина, председатель Дзержинского исполкома А.Б. Шелестов, председатель комиссии горсовета по культуре В.В. Кротков, главный инженер НПО «Союз» Ю.М. Милехин, председатель профкома НПО «Союз» В.Н. Беженцева, начальник отдела НПО «Союз» В.В. Япринцев, секретарь парткома НПО «Союз» А.Н. Плешаков и главный архитектор нового проекта реставрации О.Б. Морозов. После этого визита были направлены обращения в областную Думу и Министерство культуры.

16 ноября 1990 года IV сессией Дзержинского городского совета было принято решение передать Церкви помещение Успенского храма бывшего Николо–Угрешского монастыря. В декабре 1990 года в возрождаемую обитель был назначен архимандрит Вениамин (Зарицкий). Месяц спустя, 15 декабря, был совершен первый молебен с чтением акафиста небесному покровителю обители – святителю Николая. С момента прекращения богослужений в 1928 году это была первая служба, собравшая множество жителей города в стенах древней обители.

А 19 декабря, в день престольного праздника обители, была совершена первая Божественная литургия. Полученное от городских властей разрешение на проведение богослужения определяло количество людей в храме – не более 100 человек, ввиду соблюдения норм пожарной безопасности. Однако, пришедших на эту службу оказалось намного больше. К таинству Святой Евхаристии приступило более 300 человек. Хор, участвующий в богослужении, появился совершенно неожиданно, украсив своим пением древнюю обитель.

Как отмечал В.В. Кротков, возвращение Николо-Угрешского монастыря началось с передачи стен башен, которые только фактически принадлежали городу, а не ЛНПО «Союз». Большое мужество в борьбе за монастырские помещения проявил архимандрит Вениамин, ныне митрополит Оренбургский и Саракташский. Письма с просьбой о содействии в освоении монастырем его исторической территории посылались во все инстанции. В течение нескольких лет освобождались помещения для обители.

23 января 1991 года Святейший Патриарх Московский и всея  Руси Алексий II составил обращение в адрес председателей Мособлисполкома А.С.Тяжлова и Мосгорисполкома Ю.М. Лужкова, в котором, ссылаясь на решение Совета министров от 18 ноября 1990 года, просил отвести земельный участок Николо-Угрешскому монастырю в границах ранее занимаемой монастырем территории.

28 февраля 1991 года было принято решение Мособлисполкома «О передаче памятника архитектуры республиканского значения Николо–Угрешского монастыря в г. Дзержинском Люберецкого района в пользование Московской Патриархии». Исполком Мособлсовета, принимая к сведению решение Дзержинского горсовета и согласие пользователя памятника Люберецкого научно-производственного объединения «Союз» Министерства оборонной промышленности СССР, согласился на поэтапную передачу зданий Николо-Угрешского монастыря, которые являются памятниками архитектуры республиканского значения, в безвозмездную собственность Московской Патриархии. При этом решение Люберецкого городского совета народных депутатов от 5 февраля 1990 года, в котором Московской Патриархии монастырь передавало не областное правительство, а районное, к тому же не в безвозмездное пользование, а в собственность, было отменено как противоречащее действующему законодательству РСФСР.

Стоит отметить, что существовал и альтернативный проект этого решения, который, в отличие от принятого, где речь шла о передаче всего комплекса монастырских зданий, подразумевал передачу Московской Патриархии лишь освобожденных зданий, а именно: Успенской церкви, часовни, профсоюзного корпуса, каретного двора, стен и башен. К счастью, был принят более благоприятный для монастыря проект решения.